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来源: 摩贝原创 2021-09-01
2-(4-氯苯基)-1-[3-(4-氯苯基)-5-[4-(丙-2-基)苯基-3, 5-二氢-1H-吡唑-基]乙酮（CCPPE）在药物探索中缩短时间和成本并提高药物分子对接过程的效率已被采用。这是一种深入研究配体-蛋白质准确结合位点的新技术。
在这项研究中，我们可以了解称为 lig 的小分子在生物系统中的运输。 Auto Dock 套件 4.2.6 是一个有价值的工具，可以深入了解配体-蛋白质相互作用的分子机制，以结合众所周知的三维结构的受体。2-(4-氯苯基)-1-[3-(4-氯苯基)-5-[4-(丙-2-基)苯基-3, 5-二氢-1H-吡唑-基]乙酮（CCPPE）优化结构由使用 Auto Dock Tools (ADT) 对接的 Gaussian 09 保持。 Auto Dock Tools ADT 图形用户界面，用于添加极性氢并通过 Kollman 方法计算原子电荷。去除了水分子和共结晶配体。
2-(4-氯苯基)-1-[3-(4-氯苯基)-5-[4-(丙-2-基)苯基-3, 5-二氢-1H-吡唑-基]乙酮（CCPPE）通过最小化其在 B3LYP/6-311++G (d, p ) 假设水平。部分电荷通过 Geistenger 方法计算。定义了扭转和可旋转键。被解释为在网格大小内包括活性位点残基的酶的活性位点对于不同的活性是不同的。
用于对接的 Auto Dock 中可用的拉马克遗传算法 (LGA)。数百次对接运行用于获得最适合的蛋白质，它具有非常低的结合能。获得的抑制常数（nm 和 μm）和分子对接结合能（kcal/mol）。（补充材料）（a）抗菌，（b）抗真菌，（c）抗炎，（d）抗氧化剂，（e）抗病毒和（f）抗微生物蛋白，显示 2-(4-氯苯基)-1-[3-(4-氯苯基)-5-[4-(丙-2-基)苯基-3, 5-二氢-1H-吡唑-基]乙酮（CCPPE ）选择停靠在活性目标蛋白的区域，它们是从蛋白质数据库 (RCSB) 下载的，CCPPE 配体与不同的受体相互作用。在 Discover Studio Visualizer 4.0 中对蛋白质配体相互作用的确认接近于结晶配体的确认并且评分良好。
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